恩铭死后，布政使冯煦代理巡抚主持工作。他和察使毓朗立即调集军队对起义行弹压。弹压的过程虽然有过激烈战，而军械库库房固，不易攻破，也为起义者守带来了便利，但抵抗的时间并没持续太久。因为徐锡麟等人的弹很快打光。由于清军封锁了城门，徐锡麟派的信使不去，而城外的新军也不来。看无法持，宗汉提议燃军械库，与敌同归于尽。但徐锡麟考虑到周围都是民居，一旦军械库爆炸，必然伤及无辜，危害甚，没有采纳。与此同时，为了尽快平息叛，捉拿凶犯，官府令悬赏，赏金从三千两而至七千两，最后涨到一万两。冯煦还派员黄九、县令劳文琦亲临阵前督战。在重赏之，兵士们“各告奋勇”，不断向军械所发起猛攻。

午1时左右，后门首先失守。据宗汉供词称，占领军械局后，徐锡麟让陈伯平带几个有弹的学生守住大门，因他胆小，徐锡麟令他带几个无弹的学生守后门。打了一阵之后，守后门的学生开始慌，纷纷越墙而走。他这时只一人，也到害怕，遂翻墙而去。他的说法，后门失守时间“约在（午）1多钟的时候”。

不过，另有记载称，徐锡麟等人从中午12时一直守到午4时左右，军械所才被攻破。此时陈伯平已经战死。据说是死于枪之，死亡时间不详。徐锡麟在弹尽之后脱去警服，翻墙附近民舍躲藏，最后被官兵拿获。与他一起被俘的还有宗汉和一些未能逃脱的学生。

徐锡麟被俘后遭受了严刑拷打。据有关史料记载，负责审讯的有冯煦、毓朗，以及安徽候补许鼎霖、恩铭的幕僚张次山等。地一说是在抚署西厅，一说在督练公所。毓朗令徐锡麟跪，徐锡麟怒：“你还洋洋得意，若慢走一刻，即被我杀！”

冯煦首先发问：“恩抚是你恩师，对你亲如手足，提携有加，你为何这样无心肝，这等事来？”

徐答：“恩抚待我，我知之，是私恩也；我之刺他，乃天之公愤也。”

冯问：“你是孙党吗？”

徐答：“孙不足以指挥我，此事仅我与我友光复、宗汉所为。其他跟着我的学生，实不知，系我以枪迫，不得不如此。我之罪，我一人当之。那几十个学生之罪，也由我一人承当，哪怕碎尸万段，希望不要连累他人。”

在审讯中，徐锡麟一直凛然不屈，拒不代同党。不过，他对恩铭是否已死，心里尚不清楚。曾问：“新甫（恩铭字）死了吗？”

毓朗说：“未死，仅受小伤耳。当经西医诊治，已痊愈。明日当亲自讯你。”

徐锡麟闻听此言，显然受到了打击。因为此役的目的，就是要杀掉恩铭，如果恩铭未死那就意味着目的未达，难免让人失望。之后，他低去，半晌无语。

毓朗见此以为他害怕了，接着又说：“你知罪吗？明天就将剖你心肝，你知吗？”

徐锡麟一听这话，便省悟过来，知毓朗刚才说的是假话。因为只有恩铭死了，才会对他以极刑。徐锡麟于是仰大笑：“这么说，新甫死了！新甫死，我志偿。我志既尝，即戮我为千万片，亦我不惜。区区心肝，何屑顾及？”

冯煦问：“你日常谒见抚台，为何不在房间里击之，直到今天这个场合才动手，这是为何？”

徐答：“抚台房间乃私室，学堂是公地，大丈夫事须众目昭彰！”

此后，他提笔写供词。在供词中，他慷慨激昂，历数满清罪行，重申排满革命宗旨。他承认在军械所死难的就是光复陈伯平，被抓获者乃宗汉宗汉。供他们来，是不想让他们光荣壮举受到埋没，用徐锡麟的原话即：“将来（他们）不能与我大名并垂不朽，未免可惜。”至于其他革命同志，他则守如瓶，并一再调众学生“均不知”，“尔等杀我，剁我两手两足，将我全砍碎均可，不要冤杀学生，彼等皆为我诱使然。革命党虽多，在安庆者实我一人”。

这份供词洋洋数百余言。此时的徐锡麟已抱定慷慨赴死之心，其铁骨铮然的豪迈之一览无余，跃然纸上。正如他在《》诗中所云：