在事实面前，杨光先仍然词夺理，行狡辩。会后觐见皇帝，南怀仁提，应行一次实地验证，以资证明各派方法的对错与优劣。对于这一提议，两名辅政大臣也无法反对。验证的结果很快来了。在大学士图海等二十多位官员的监督，“南怀仁所言悉应，吴明烜所言悉不应”。这是一次完的胜利，西法的优越和科学也得到了充分的证明。

康熙历案后，西方传教士从钦天监中被尽数清除，朝廷任命杨光先理钦天监，先是任他为右监副，杨光先一再推辞，五次叩阍辞疏。朝廷皆不准。在辞疏中，杨光先提理由，所谓“六不敢受职之畏”“二不敢受职之羞”，概而言之，即自己学识不够，难以胜任。他在奏疏中说，官以“钦天”名，必于历数历理者，而他是“止知历理，不知历数”，“但知推步之理，不知推步之法”。这一，他倒是有自知之明。的确，仅凭他对历法的那知识，捣尚可，办正事万万不能。因此，接到任命，他吓得“汗浃背”，无论如何不敢接受。但是，朝廷以为他是谦辞，五次驳回他的奏疏，不仅如此，还把授予他的监副改授为监正。

康熙八年（1669年）五月，鳌拜案发狱，遏必隆也被治罪。此后，南怀仁上疏，状告杨光先、吴明烜依附鳌拜，词陷人，诬告汤若望，致李祖白等无辜被戮，请求平反昭雪。议政王等议，判杨光先斩刑，吴明烜杖。后康熙念杨光先年老，免其死，遣返原籍(于返籍途中死于山东)，吴明烜则杖责四十释放。与此同时，在康熙历案中受到牵连的传教士和有关人员均予平反，官复原职，恢复名誉。礼还以皇帝的名义对汤若望修墓立碑，举行隆重的公祭仪式。一场轰动一时、前后达十年的大案终于尘埃落定，画了句号。

这是一个历史的转折时刻。康熙皇帝令调查此事。谕旨要求各派历法人员放门之见，本着谁对听谁的原则，“务须实心，将天文历法详定，以成至善之法”。据康熙的谕旨，一次由各派历法人员参加的天算大会召开了。据《汤若望传》中记，这次大会召开的时间是康熙七年（1668年）圣诞节后的第二天。经过激烈的辩论，西洋新法完全占据上风，而杨光先和吴明烜所修的七政民历错误百，受到极大的孤立。

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太后的预，此案再次改判，刑宣布汤若望对荣亲王葬期并不知晓，有可原，死罪可免，决定取消死刑，释放狱。至此，西方传教士全得到了赦免，但是，钦天监的汉人官员就没那么幸运了。李祖白等五名汉人官员仍被斩首。不过，许青屿（那个为《天学传概》作序的）由于不是教民，仅作削籍置。据陈占山《杨光先评传》说，审判结束后，政府对传教士如置：仍准汤若望等四位原来在京的传教士留居北京（原判为充军），但禁止传教；其他由全国各地押解至京受审的二十多位耶稣会士、多明我会士和方济各会士等，均押赴澳门。“以杨光先为代表的中国落后保守势力的排教活动，至此基本上达到了预期的目的”。

杨光先死了，但他的故事并没有结束。康熙四十五年（1706年），由于礼仪之争，康熙令全面禁教，传教士在中国的好日结束了。它标志着一个较为开放时代的结束，并宣告了闭关锁国的开始。随着这个时代的到来，杨光先的地位开始逐步提升。历朝历代都有

康熙对西方科技的虚心学习态度使杨光先的日不好过了。在这之前，钦天监的工作屡屡错。康熙五年（1666年）的两次日都现误差，引起非议。是年二月，杨光先奏请朝廷，请求采用北齐的候气之法，可这一千二百多年前的古法早已失传。杨光先四延访，两年未果。与此同时，历法错误越来越多。

这一来，杨光先骑虎难了，只能走上任。上任之初，他罢西洋新法，试图恢复大统历，由于得不到相关人员的支持，加上大统历本错误百，此举困难重重。此后，他不得不寄希望于回回历，奏请吴明炫（此时已改名为吴明烜）为钦天监监副，以为臂助。

转三年过去了。十四岁的康熙皇帝开始亲政，朝中风气大变。康熙是个勤政好学的皇帝，从幼年开始便不分寒暑，昼夜苦读。除了对中国传统学问手不释卷，研读外，他对西方科技也颇兴趣，并对天文、地理、算学等行过认真研究。康熙历案发生时，他尚年幼，当政后重新审理此案，凭借的正是自己对天算学的了解。他曾这样说过：“尔等惟知朕算术之，却不知朕学算之故。朕幼时，钦天监汉官与洋人不睦，互相参劾，几至大辟。杨光先、汤若望于午门外九卿前，当面赌测日影，奈九卿中无一人知其法者。朕思，己不知焉能断人之是非，因自发愤而学焉。”

朝廷此时又想到了西洋新法，由于汤若望已病逝，决定起用他的学生南怀仁治理历法。康熙七年（1668年）七月，钦天监呈奏新制的康熙八年（1669年）七政民历。该历由吴明烜回回历系制作。结果其中现两次分、两次秋分，而且算错了闰月的时间。南怀仁发现后，疏题参。可是，这份奏报起先遭到了辅政大臣的扣留。此时，四大辅臣中索尼、苏克萨哈已死，剩鳌拜和遏必隆两人，同旗结党，把持朝政。尽他们横加阻挠，但这份报告最终还是到了康熙皇帝的手中。

不久，杨光先被罢职，刑议罪，上命夺官免死。而南怀仁接替监正一职，继汤若望之后重新执掌钦天监。