发起公开的攻，但暗中仍在积蓄力量，伺机反扑。就在这期间，杨光先来到京城，他们一拍即合。杨光先攻击西教甚力，虽“好论大言，稍通历法”，但天算艰，非其所。为了扳倒汤若望，他曾试图寻求“羲和旧官”，即钦天监中的汉人官员的帮助，但并未得到响应。杨光先对此很不满，他曾在文章中指责这些人“尽叛其家学而拜仇人作父”。所谓“家学”，即大统历，而“拜仇人作父”，则是说他们投靠了汤若望。他还用“反摇尾于贼跖，以吠其生之祖考”来挖苦讥讽他们。

由于汉官不给力，杨光先颇失望，但他很快就与回回科官员建立了盟友关系。据清人彭孙贻《客舍偶闻》云，杨光先与吴明炫为同郡人，两人相善。明炫自谓知历，每次谈，历数汤若望新法之误，杨光先闻之大喜。他正愁找不到懂历法的人为他提供炮弹，现在有了吴明炫这个“知历”之人，自然是求之不得。

吴明炫，又名吴明烜，后者因避康熙名讳而改。有史料把明炫、明烜误认为兄弟二人，实则不确。吴明炫曾任回回科秋官正，康熙历案发生后，他一度重回钦天监任监副。可以肯定的是，在康熙历案中，他是一个举足轻重之人。有人甚至推测，杨光先一系列反对西洋历法的文章，在策划、撰写和上可能都与他有过商量，并得到过他的帮助。这可能并不排除。

在吴明炫的支持，经过一番心准备，杨光先终于再次手，向西教发起了新一的攻势。一场惊天大狱从天而降，不仅震惊了全国，而且震惊了整个西方基督教世界。由于此案因历法而起，又被称作康熙历案。

康熙历案，起于康熙三年（1664年）七月，至康熙四年（1665年）三月结案，前后八个月。与以往不同的是，该案一是立案快，二是审判规格，三是罚严厉。

康熙三年（1664年）七月二十六日，杨光先疏题参，状告汤若望等人图谋不轨，传妖书以惑天，请依律正法。状告当天，堂司官便收状。八月初五日，密旨，谕礼、吏会审。次日，汤若望等传教士便到案受审。从立案过程看，前后不到十天，可见立案之速。

从审判过程看，此案先是礼、吏会审，之后刑再审，再之后三法司复审，最后由亲王、辅政大臣、大学士、六九卿和八旗都统等组成的御前会议行终审。审判的程序十分繁复而漫，而且经历了诉讼上的一切例行手续，并由最的御前会议裁定。其规格之，称得上是所谓的“一等大狱”。

从判决结果看，汤若望和七名钦天监官员凌迟，五人斩首。与此同时，天主教被宣布非法，在京传教士一律充军，各省传教士则押送广州，驱除境。这个判决可以说极其严厉，对西教堪称是一次毁灭的打击。

现这样结果也许让人意外。从顺治十七年（1644年）五月到康熙三年（1664年）七月，前后四年有余，杨光先使浑解数，上蹿，试图扳倒汤若望，均告无果，可在康熙三年（1664年）七月，仅用半年时间便达到了目的。其实，说意外也意外，说不意外也不意外。中国是一个官本位社会，尤其是皇权统治时期，君临天，一言九鼎，任何纷争，包括学术纷争，最终落石都取决于层的态度。杨光先的胜利同样如此。

顺治十八年（1645年），福临病薨，其玄烨继位，年号康熙。康熙皇帝继位时年仅八岁，由四大辅臣佐政。顺治死后，汤若望顿失奥援，而四大辅臣中保守势力占据上风。其中鳌拜和苏克萨哈都仇视西教，提倡复古。尤其是苏克萨哈，在德国人魏特的笔，他“是最恶劣类的基督教仇视者”。此时，恩格德，那个因擅改荣亲王葬期被放的前礼尚书也回到京城。朝中形势大变。杨光先也许正是瞅准了这个时机，兴起了大狱。